interpreter-mode-alistという連即配列でshebangによって切り替えるモードを管理している。だから、interpreter-mode-alistを編集してあげるといい。

例えば、

#!/usr/bin/perl
# snip

というshebangがある場合、.emacsなんかに次のように書けばいい。

(add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))

これでshebangにperlがあれば、cperl-modeになる。

Thanks to Tokyo Emacs & id:hayamiz